海洋深層水は原水をそのまま利用する場合もあれば脱塩して利用する場合もあります。脱塩をしてもミネラル分が多く、硬度が1,000とか2,000となっているものがあります。こうした脱塩水は特にカルシウム分が多く、整腸作用に効果があります。さらに電気分解をした機能水にして利用する方法などがあります。
海洋深層水の添加でビール製造をすると発酵期間が30％ほど短縮されるため、海洋深層水を利用したビールも発売されています。富山でも海洋深層水を利用した地ビールがつくられ、ドイツの地ビールコンテストで銀賞を獲得するなどしています。
農業分野でもさまざまな形で活用されています。500～1,000倍に薄めた海洋深層水をリンゴやブドウの実に吹きかけると熟期が促進され甘みが増してきます。ほかにも野菜の増収にも効果があるとされています。もちろん魚介類の鮮度保持や魚市場の洗浄にも使われます。
一般には麦飯石の名前で呼ばれ、古くから漢方薬としても使われている石英閃緑（ひんりょく）ひん岩という原石があります。多孔質で水の浄化や臭いを取るとされています。ケイ酸が多く含まれ、また遠赤外線を出すなど、さまざまなことがいわれていますが、何らかの薬効があることは確かなようです。この石を微粉末にして石けんや化粧品の材料として使うとアトピーにもかなりの効果があるとされていますが、粉末にしただけでは材料となりません。そこで麦飯石の微粉末を海洋深層水でゲル化させ、材料として使用しています。
この他にも海洋深層水の微生物分野からの利用方法があります。海洋深層水の中にすむ微生物は多くはありませんが、これまでにない新しい乳酸菌も見つかっています。その乳酸菌でおからを発酵させると、おからに含まれているイソフラボンや花粉症予防にも有用な成分が吸収されやすい形になるとされています。このような新しい微生物が海洋深層水から発見される可能性はまだあるとされています。