面源は山林だけではありません。田畑、牧場、市街地など1カ所に特定できない排水も面源となります。湖沼法で指定されている湖沼の多くはこうした面源も汚濁源となっています。
平成16年に総務省が湖沼の水質保全についての行政評価を行ったところ、10の指定湖沼（平成19年指定の八郎湖は除く）の全てが環境基本法で定める環境基準が未達成でした。それまでの対策では水質改善が進まないということで、湖沼法の改正が行なわれました。従来の「水質保全計画」は計画年数が5年ごとでしたが、それを長期ビジョンを立てて取り組むようにすることになりました。さらに対策がほとんど立てられていなかった面源の対策も、地域を指定してつくることになりました。海域で行なわれていた総量規制を湖沼でも取り入れられることになったのです。また、従来は行政と学者が中心となってつくられていた水質保全計画に、何らかの形で住民の参加も求めることになったのです。